魔法正在受人认知的混乱的过渡期——
世界各处频繁发生据说是魔力所导致的，被称为「魔法灾害」的灾厄，人们如今对魔法依旧怀着畏惧感。

究竟是否要接受魔法这种未知的存在，这场甚至牵连到政治因素的争论至今得不到结果，掌权者则为了自己的欲望在暗中策划阴谋。
在此时，以魔力为武器战斗的少女们的存在开始在民众之间流传。

想要将暗影下的魔法这一存在转变为照亮和平的希望之光的美丽女神。
魔法战士——虽然不知道是谁的命名，但是她们开始以这一名字而广为人知。

有一个女学生、御白晴香在这个国家第一次将魔法编入课程的学校——国际教导学园就读。
在学校学习炼金术的她是从魔的威胁手中拯救人类的魔法战士“Emerald Fine”。

身为炼金术研究者的父亲给她遗留下了“Emerald Lapis”。
运用其力量变身的晴香在国际教导学园的教师立花亜梨子、鏡島樹的引导下，作为一名全新的魔法战士投入于战斗中。
她与同样在国际教导学园就读的魔法战士EXCEED Knight合作，过着每天从魔法灾害中守护人类的生活。

在某天，转校生黒宇霞出现在晴香面前。
以这次相遇为契机，晴香和霞，两人的命运开始发生巨大的转变——

无边无际的天空。无边无际的大地。拥有这世上的一切的大陆。
其中心有一个丰饶与祝福的精灵国度——玛拉蒂安。

这里是充满了梦想、慈爱、爱情与喜悦的希望之地。
但是因为一名反叛者，玛拉蒂安一夜之间走向崩溃。
好不容易逃出生天的玛拉蒂安第二公主「艾尔提希亚」在人界遇到了一名少女。

「春風さくら」。

这难道是不可逃避的宿命吗。
艾尔提希亚将自己的灵魂托付于她，与来自玛拉蒂安的追兵们战斗。

无垢少女的灵魂与艾尔提希亚发生共鸣，身披铠甲与异形之敌顽强抗争——

爱羽纱那 （あいばさな） 是个开朗活泼的女高中生。
因为父母的关系，转入了市立圣埃特瓦尔(聖エトワール)学园。

刚转学来的第一天，因为手续的关系被老师叫去，回到教室的纱那看到邻座的神原爱衣（かんばらめい）正在被奏马红爱（そうまくれあ）霸凌欺负的画面，坐立不安的纱那便上前制止。

之后回家途中，在公园的对话中纱那知道了爱衣被欺负的原因，有一半是因为爱衣有着被称为都市传说的传奇游戏机「Angel Maker」，而且爱衣还有两台。

爱衣打算把一个作为友情的证明交给纱那，纱那说着不能接受那么重要的东西果断拒绝。
但是无论如何都希望纱那收下的爱衣不断地请求，加上会对机子感兴趣的年纪，最后纱那还是接受了。
纱那一边听着爱衣的说明，一边进行初次设定。
这时，两人的游戏机里突然出现了一个被养育长大的天使们的立体影像。

“保护我们，培育我们，作为代价，会给予你们，不可思议的力量。”

这时，两人突然被身份不明犹如恶魔般的异形怪物袭击。
两个人虽然想逃走，但爱衣却害怕的缩着身子无法动弹，经过纱那不断劝说后，爱衣转过身来想跟着逃跑，脚却不小心扭倒了。
像肠子一样的触手把想要救援的纱那打飞，接着缠住爱衣的脚开始不断拉向自己。

“如果能救爱衣酱的话，我什么都愿意做！”

纱那抱着死马当活马医的心情按下了Angel Maker的按钮。

“只允许女性探索的迷宫。”

听闻这个消息的冒险者“爱丽丝”和“阿米莉亚”，为探寻还没被发觉的宝藏意气风发的深入迷宫。
然而，那座迷宫的真相是：捕捉女性冒险者，使其变为怪物孵化所，或变为性处理对象，并设计有大量工口陷阱的迷宫。

最后，二人能否成功安全地脱逃迷宫呢？

爱丽丝：“像往常一样轻松地攻略完，得到一大笔报酬吧。”
阿米莉亚：“嗯，我相信爱丽丝。辅助工作就给我吧。”

就读于十宝学园的少年戦部（いくさべ）タカマル，在房东的女儿四方堂（しほうどう）ナリカ的骚扰中彷徨地度过着爱意萌动的日子。

这样的某一天，タカマル对一个女孩一见钟情了。少女的名字是鷹守（たかもり）ハルカ。
某夜，タカマル和ナリカ遭到了神秘忍者团的袭击。来解救陷入危机中的二人的是，一身女忍装束的ハルカ。ハルカ尊タカマル为首领，请求タカマル“赐予”自己力量。

原来，タカマル是正义的忍者集团，上弦众的少头领，有着通过H来赋予对方难以想象的巨大能量的能力。
ハルカ通过タカマル获得了巨大的能量，一举击败了忍者众。

但是，这仅仅只是拉开了漫长战争的序幕……

和平的日常，这只是表象。
寄生生物“Reaper”依附在动物或是人类身上，将其身体作为自己新的身体。

并以此引诱新的猎物。这种生物在世界各处寄生着。
某个夜晚，街边的一角发生了一场与“Reaper”的战斗。

名護愛莉代号Aigis乙貫風理代号Brionac她们身着对“Reaper”用装甲“SACRED PARTS”，投身战斗之中。

这身装甲使她们在对阵“Reaper”时占尽优势。
这样的战斗是日常，“Reaper”不停的出现，被害者不断增加，为了夺回和平，她们的战斗不断继续。

2014年在大城市中突然出现的怪物・ネクロ。
数十只ネクロ吞噬不知该逃往何处的人们，城市一日之间化为地狱。

男人就吃掉，女人也“吃掉”的情形下，名为マナ的少女出现了。
マナ穿着和电视动画里一样的可爱衣服，使用不可思议的力量净化了ネクロ。
但是却被ネクロ的首领パンドラ打败，当众侵犯，并在身体里种下了触手──

侵犯マナ后满足的パンドラ带领所有ネクロ于同一时间在城市中消失。
以牺牲少女的身体为代价，从怪物中守护了城市，人们这么认为。
然而数周后，パンドラ再次率领ネクロ出现了。
マナ虽然再次准备净化ネクロ，但其衣服之下，却充满了触手──

理莎通过在超自然研究社的夏季合宿中发生的一连串的物怪骚动，针对自己的能力，开始了退魔师的学习和修行。
决定了未来的发展道路，同时也迎来了毕业的时候。
从社团活动引退后也继续着超自然研究的美羽，规划了一次毕业旅行。
目的地是夏天去的那所废校。
理沙和在事件中成为好友的七海也一起参加旅行。

作为住宿设施而重新利用的木制校舍。
从学校退休的原超自然研究社顾问明日香，在设施内的乡土资料馆当研究员。

从明日香的话语中，得到了有关山中祠堂秘密的信息。
由于美羽被新情报所吸引，毕业旅行很快又变成了超自然调查研究。
在同样进行着超自然研究的明日香的同事、研究员彩乃的带领下，大家一起游览了城市的遗迹和人气旺盛的景点。

虽然理沙和七海一直担心事件的后续，但镇上的明日香看起来也安然无事，对此多少平复了些情绪。

但是那天晚上，理沙再次被卷入由物怪引起的怪异之中——